虽说合肥地质条件总体更适合建地铁，但任何一条线路的建成，其背后都有重重难关需要克服。关注合肥地铁建设的市民或许还记得1 号线号线下穿五里墩这些惊心动魄的时刻，3号线在施工全套工艺流程中，不仅需要数次穿湖、穿铁路，还有首次亮相的高架段也给施工带来不少难度，能够说是“上天入地”，历经千难万阻。
雷崇和记者说，3 号线初步设计到施工图设计阶段，对涉铁方案进行了充分调研和多方案研究，每一处涉铁方案都与上海铁路局有关部门进行了多轮沟通、协调和汇报，最终4 处涉铁的设计及实施工程的方案均通过专家评审。例如，3 号线合肥火车站至竹丝滩站区间下穿合肥火车站东咽喉7 股道，其中还有一副单开道岔，均为路基，有砟道床，道岔对沉降要求极高，不允许超出1 毫米，为确保道岔的安全，施工时需对道岔进行临时钉闭，但钉闭会对合肥站、合肥车务折返段的列车造成异常调度，钉闭方案需单独上报路局运输处批准，整个涉铁工作完成了3 本专项设计报告，分别报路局总师室、运输处、安徽地铁公司组会审查，约15 个路局设备管段部门参与会审，涉铁工作历时约一年半。
对于3 号线来说，两次下穿天鹅湖则是另一块难啃的“硬骨头”。根据设计的具体方案，3 号线在经过政务区天鹅湖时，从湖的西北岸下穿而过，涉及祁门路站至大剧院站区间右线 米，就是这加起来不到400 米的区间，施工全套工艺流程非常不易。
据介绍，地铁隧道的埋深通常在地下15 米左右，天鹅湖湖水深度4 米左右，隧道要在湖底穿过，势必造成埋深相对较浅，而隧道顶距湖底的距离越小，施工风险就越高。由于各方面条件的限制，隧道距湖底最小净距仅6米，盾构下穿施工具有冒顶的风险。为克服这一难题，通过有明确的目的性地选型盾构机、精细化组织施工、精选渣土改良剂、平衡土仓与掌子面的压力等措施，同时对隧道结构可以进行特殊设计——单环管片的注浆孔由6个增设至16个，提高二次注浆效率，密实壁后孔隙，防止管片漏水，加强管片配筋，湖底覆土薄，提高管片抵御有几率存在的附加荷载能力，设计及实施工程的方案均通过专家论证，最终成功实现下穿施工。
除了这些下穿，相对于1、2 号线 号线车站在中心城区道路交通量大，需最好能够降低施工期间对路面交通影响，为确保施工期间道路通行能力，减少对市民出行影响，图书馆站在路口设路面铺盖系统，海棠站对3 号线车站采用半幅盖挖顺作法施工，地面铺盖系统用于地面车辆通行，施工作业在地面铺盖系统下部进行，都大幅度减少了地铁车站施工对地面交通的影响。
